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1、贯彻执行国家和省、福州市制定的环境保护方针、政策、法律、法规、条例和标准，制定市域环境保护规章、办法和实施细则等行政规范性文件并负责组织实施。
2、负责市域陆地、水体、大气的环境保护工作，参与并监督近海水域环境保护和土壤、野生动植物保护，指导生态农业开发建设，监督对生态环境有影响的资源开发活动，并负责市域环境目标责任制的组织实施。
3、组织开展市域内开发建设项目、技术改造项目和成片开发项目的环境影响评价，并按照分级管理的原则，负责审批、报批项目的环境影响评价报告书（表）和对环保"三同时"项目实施监督管理。
4、组织开展工业污染防治和区域环境综合治理，组织实施废水、废气、固体废物、噪声、放射性和电磁辐射等污染综合整治，以及对污染治理设施运行的监督管理。
5、组织开展城市环境综合整治，负责制定综合整治规划、计划，完善整治目标责任制和组织指标体系的定量考核。
6、组织开展市域污染源调查，污染物排放申报登记和排污许可证发放工作。
7、依法征收超标排污费和排污水费，并负责按照国家的规定管理使用征收排污费。
8、组织开展市域环境监测工作，负责组织编报环境质量报告书和环境年鉴，发布年度环境质量公报，提出改善环境质量的对策和措施，并组织实施。
9、组织实施全市环境统计工作，发布年度环境统计公报。
10、组织开展市域环境保护执法检查，推动完善环保法制建设，并负责指导部门和镇（乡）的环境保护工作。
11、组织开展群众性的环保教育活动，提高全民的环境意识和环保法制观念，推动环境保护的公众参与和社会监督，并负责组织实施环保干部的岗位培训和继续教育。
12、承办市人大、政协关于环境保护的提案、议案，组织调查处理城市环境污染事故、纠纷和群众环保信访。
13、承担市环境保护委员会的具体工作，并承办市委、市政府交办的其他工作。
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